お世話になります。
当方、住宅型有料老人ホームの事務をしております。
未払い請求書の時効について、お伺いできましたらと思い、ご相談をさせていただきます。

住宅型のため、請求書は、家賃・食事代・管理費・日用品・介護保険料など、項目別に金額を記載した、一枚物の請求書を利用者様にお送りしております。弊社の請求書の時効は、民法改正前であっても５年と考えても宜しいのでしょうか？
時効の数え始め日は、「請求書の支払い期日から」と、「請求書に対し最終入金があった日から」という、認識で宜しいでしょうか？

お忙しいところ大変恐縮ですが、お教えいただけましたら幸いです。

今年の8月からにマイホームを建てようと夫婦で土地から探していました。同じ頃に某ハウスメーカーを訪ね、価格帯から、そのハウスメーカーで家を建てる事も検討し始めました。ハウスメーカーにはおおよその家や駐車場の希望の広さを伝えていました。営業に土地も探している事を伝えると、仲介業者を紹介しますとの事で、8月末頃、私達と、営業、仲介業者とで1件の土地を見に行き、営業も仲介業者からも、ここならおっしゃられてる家は十分建ちますよと太鼓判をもらい、後ろに擁壁がある古家付きの64坪の土地も検討していく事になりました。仲介業者からの資料には土地の奥行き、擁壁部分ををきちんと示す資料がなかったのですが、仲介業者、営業両者に口頭で確認したところ、建築可能面積の奥行きは15.9メートルあると言われました。それから図面の打ち合わせが始まり、8月末に営業に作って頂いた図面にも15.9メートルの記載があります。
それから何度か図面の打ち合わせをし、細かい間取りは決まっていませんでしたが、希望の家の広さ、駐車スペース（3台）が確保できるとの事で、9/19日に土地を、9/22日に請負契約をしました。それから何度も図面の打ち合わせをし、期限までに間に合わせる為に色々なものを犠牲にして、図面を決める事を最優先してきました。何とか期限までに決め、承認申請の結果待ちをしていた11/5日、営業から、「奥行きが13.9メートルしかないことがわかったので図面の家が建てられない」と連絡がありました。奥行き15.9のうち、後ろ2メートルが擁壁を含んでいたようです。結果、64坪と聞いていましたが、実際に建てられるのは51坪程度でした。
仲介業者のから頂いた資料には、擁壁を示す寸法の記載がなかったので、全て口頭で仲介業者、ハウスメーカーに確認をし、15.9メートルあるとのことだったので土地を契約しました。
約2ヶ月、ずっと15.9メートルの記載がある図面で打ち合わせしてきましたし、いまさら…という感じでした。ハウスメーカーはこちらのミスです、すみませんというだけです。だからといって土地が広くなるわけでもありません。希望の家が建てられないので、土地は解約する事にしました。ハウスメーカーのその後の対応も悪く、精神的にも苦痛を感じ、ハウスメーカーも解約することにしました。ハウスメーカーからは、今までの図面作成代など約20万円、土地のほうは違約金202万を支払わなければなりません。発覚したことが遅すぎた事も含め、先方に相当の否があると思うのですが、このかかる費用は私達だけで支払わなければわならないのでしょうか？
宜しくお願い致します。